Banyak permasalahan yang mengiringi berjalannya otonomi daerah di Indonesia. Permasalahan-permasalahan itu tentu harus dicari penyelesaiannya agar tujuan awal dari otonomi daerah dapat tercapai. Salah satu permasalahan yang timbul adalah sengketa batas wilayah. Timbulnya permasalahan sengketa batas daerah mengakibatkan timbulnya potensi konflik sosial, sengketa administrasi pemerintahan, dan ketidakpastian pelayanan masyarakat. Konflik yang terjadi dapat menimbulkan kerugian baik moril maupun materil. Kerugian ini dialami oleh semua pihak, baik pihak yang berkonflik maupun masyarakat dan negara secara keseluruhan.
Sadar akan besarnya kerugian yang disebabkan oleh konflik, maka kebijakan penanganan konflik harus mencerminkan solusi yang kondusif dan efektif untuk integrasi sosial dalam jangka panjang terutama bagi kedua pihak yang berkonflik. Penanganan konflik dalam hal ini harus bersifat berkelanjutan. Beberapa aspek menjadi pemicu munculnya sengketa batas wilayah yaitu aspek yuridis, aspek ekonomi, aspek kultural, aspek politik, aspek sosial, dan aspek pemerintahan.
Penelitian ini mengidentifikasi faktor apa saja yang menimbulkan ketidakjelasan penetapan batas wilayah dalam peraturan perundang-undangan pembentukan daerah otonomi baru, potensi konflik sosial apa saja yang akan timbul akibat sengketa batas wilayah, dan kebijakan apa yang dikeluarkan oleh pemerintah dalam mengatasi potensi konflik sosial yang disebabkan oleh sengketa batas wilayah, serta menghasilkan rekomendasi kebijakan (policy brief) dan memorandum kebijakan (policy memo) yang akan disampaikan kepada pemangku kepentingan untuk mengantisipasi atau menyelesaikan sengketa batas daerah ataupun konflik sosial.